Perbedaan utama adalah perbedaan bahan aktif. Bahan aktif baterai sekunder bersifat reversibel, sedangkan bahan aktif baterai primer tidak dapat dibalik. Pengosongan otomatis baterai primer jauh lebih kecil daripada baterai sekunder, tetapi resistansi internal jauh lebih besar daripada baterai sekunder, sehingga kapasitas beban lebih rendah.
Selain itu, kapasitas spesifik massa dan kapasitas spesifik volume baterai primer lebih besar dari baterai isi ulang umum.
